Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Parakan Temanggung adalah lembaga pendidikan yang keberadaannya ditetapkan berdasarkan keputusan Menteri Agama No. 370 Th 1993 yang menetapkan bahwa Madrasah Aliyah adalah Sekolah Menengah Umum (SMU) yang bercirikan Islam yang diselenggarakan oleh Departemen Agama dengan kurikulum sama dengan kurikulum SMU di tambah kurikulum Agama.
Penggabungan dua MAN dan Perkembanganya
Di Kabupaten Temanggung pada tahun 1980 terdapat 2 MAN yaitu MAN Temanggung yang berlokasi di sekitar alun-alun kota Temanggung dan MAN Parakan Temanggung yang berlokasi di Jl. Jenderal Sudirman akan tetapi oleh Pemerintah (Departemen Agama Profinsi Jawa Tengah) MAN yang berlokasi di alun –alun kota Temanggung direlokasi ke luar daerah kota Temanggung, yaitu ke Kecamatan Suruh Kabupaten Semarang pada tahun pelajaran 1982/1983, sedangkan guru dan siswanya dipindahkan ke MAN Parakan Temanggung dijadikan satu di MAN Parakan Temanggung terhitung mulai tahun pelajaran 1982/1983 sehingga perkembangan MAN Parakan Temanggung cukup pesat. Kepala Madrasah yang menjabat pada waktu penggabungan adalah Drs. H. Abdul Murid untuk MAN Temanggung dan M. Yusuf, BA untuk MAN Parakan Temanggung Sedang kelasnya masih berada di dua lokasi yaitu Jl. Jenderal Sudirman dan Alun-Alun Temanggung.
MAN Parakan Temanggung merupakan salah satu dari sekian banyak Madrasah Aliyah yang keberadaannya tidak terlepas dari sejarah yang cukup panjang mulai dari PGA Swasta, PGA Negeri, MAN dan penggabungan MAN menjadi satu. Tahun 60-an bangsa Indonesia mengalami kekurangan Guru Agama Islam, berlatar belakang keberadaan tersebut di rasa perlu masyarakat Parakan (yang mayoritas kaum Nahdliyin) menyiapkan kader-kader bangsa yang pandai dalam bidang Agama Islam untuk ditetapkan menjadi Guru Agama (khususnya tingkat SD/MI) maka masyarakat Parakan mendirikan PGNU (Pendidikan Guru Agama Nahdlatul Ulama).
Setelah berjalan sampai beberapa tahun PGNU mengalami perkembangan pesat, yang akhirnya pemerintah menegerikan PGA NU menjadi PGA 4 th pada tanggal 20 Januari 1968 dengan SK. No. 4 dan pada perkembangannya berikut menjadi PGA 6 Th dengan SK Menteri Agama No. 38 tanggal 22 Mei 1969. PGA 6 Th berjalan dari Th. 1969 sampai dengan Th. 1978 perjalanan yang kadang naik kadang turun baik kualitas maupun kuantitasnya yang akhirnya harus banyak lulusan PGA yang tidak diangkat oleh pemerintah menjadi Guru Agama (Tenaga Edukatif Pemerintah) maka akhirnya pemerintah mengubah status PGAN 6 Th menjadi MAN Parakan Temanggung. Pada tahun pertama MAN dan MTsN Parakan Temanggung masih dalam satu lokasi yaitu menempati gedung serba guna milik Kodim 0706 Temanggung yang berada di Parakan dan pada tahun 1978 MAN Parakan Temanggung di pindah lokasi ke Jl. Sudirman 184 Temanggung oleh pemerintah daerah, sedang MTsN tetap di posisi semula yaitu di Mardisari Parakan.